Nòng cốt của hợp tác kinh tế nội khối ASEAN là Hiệp định về Chương trình ưu đãi thuế quan có hiệu lực chung CEPT/AFTA, giúp kim ngạch xuất khẩu hàng hóa của Việt Nam vào thị trường ASEAN tăng trưởng cao hàng năm. Thế nhưng thực tế, những lợi thế này vẫn chưa được các doanh nghiệp trong nước tận dụng tốt, khiến kim ngạch thương mại hai chiều luôn thâm hụt về phía Việt Nam. Đơn cử như quy định ưu đãi thuế quan đối với hàng hóa có xuất xứ từ khu vực ASEAN, giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa C/O mẫu D khi xuất khẩu vào các nước ASEAN mặc dù đã có hiệu lực từ khá lâu nhưng vì nhiều lý do mà đến thời điểm này, các doanh nghiệp vẫn chưa áp dụng để được hưởng các ưu đãi. Với mức thuế trung bình 50%, nhưng nếu doanh nghiệp tận dụng Hiệp định ưu đãi thuế quan CEPT/AFTA, thuế sẽ chỉ còn từ 0 – 5%, điều đó cũng có nghĩa là giá sản phẩm sẽ giảm đi rất nhiều, tăng lợi thế cạnh tranh. Và vì thế mà mặc dù có lợi thế về vị trí địa lý, ưu đãi thuế quan nhưng hiện hàng hóa của Việt Nam xuất khẩu sang thị trường này vẫn chiếm tỷ trọng thấp, thậm chí có công ty đã từng xuất khẩu sang nhiều thị trường lớn khác nhưng chưa một lần thâm nhập thị trường khu vực ASEAN.
Theo các doanh nghiệp, việc khai thác thị trường ASEAN chưa đạt được hiệu quả cao nhất có nguyên nhân từ thực tế là cơ cấu mặt hàng của các nước ASEAn tương đối giống nhau. Ngoại trừ có một số mặt hàng của Việt Nam vẫn xuất khẩu khá tốt vào thị trường này như mặt hàng gạo. Mặc dù Thái Lan là nước đứng đầu thế giới về xuất khẩu gạo nhưng gạo của Việt Nam vẫn xuất khẩu mạnh vào Philipines, Indonesia... Các mặt hàng nông sản khác cũng có tiềm năng nhưng đến nay hầu hết mới dừng ở mức thăm dò. Đối với mặt hàng cà phê, theo Tổng giám đốc Công ty cổ phần đầu tư xuất nhập khẩu cà phê Tây Nguyên Vũ Đức Tiến, cà phê Việt Nam được nhiều thị trường ưa chuộng, trong đó có các nước khu vực Đông Nam Á. Thế nhưng do thiếu vốn để dự trữ nguồn hàng, không có nhiều chương trình quảng bá, tiếp thị bài bản nên vẫn chưa thể đẩy mạnh xuất khẩu cà phê sang thị trường này. Hiện nay, Chính phủ đang hỗ trợ tích cực về vốn cho doanh nghiệp, trong đó có tạo điều kiện để doanh nghiệp đẩy mạnh xuất khẩu, tuy nhiên thủ tục vẫn còn rườm rà nên có thời điểm vốn đến được tay doanh nghiệp thì cơ hội đã trôi mất.
Thực tế này đặt ra yêu cầu cho các doanh nghiệp Việt Nam là đẩy mạnh xuất khẩu vào thị trường ASEAN theo đúng chủ trương kích thích xuất khẩu của Chính phủ. Và theo nghiên cứu của các chuyên gia thương mại thì từ nay đến năm 2010, các mặt hàng tiềm năng xuất khẩu tốt sang thị trường ASEAN là các mặt hàng thủy sản, cà phê, gạo, hàng điện tử. Mặt hàng khó xuất khẩu là dệt may, giày dép.
