Quá trình áp dụng cho thấy, một số quy định của Luật Đầu tư mâu thuẫn với luật khác, nhất là Luật Bảo vệ môi trường, bởi liên quan đến trình tự cấp Giấy chứng nhận đầu tư. Hiện nay, theo Luật Đầu tư, nếu nhà đầu tư đủ điều kiện đăng ký đầu tư thì địa phương cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, nhưng theo Luật Bảo vệ môi trường, muốn được đầu tư thì phải làm xong thủ tục về giải quyết môi trường. Sự không tương thích giữa Luật Đầu tư, Luật Khai thác khoáng sản và Luật Kinh doanh bất động sản cũng gây không ít phức tạp. Thủ tục các dự án đầu tư kinh doanh bất động sản hay khai thác khoáng sản không thể thực hiện được theo quy định của Luật Đầu tư và các văn bản hướng dẫn thi hành mà phải theo quy định của các luật có liên quan. Như vậy, Giấy phép khai khoáng có thể thay thế cho Giấy phép chứng nhận đầu tư? Những vấn đề về đầu tư có điều kiện hầu như chưa được hướng dẫn thực hiện, các quy định của Luật và Nghị định 108/2006 còn chung chung... Hệ quả là ngoài việc chậm trễ, thậm chí không làm được các thủ tục cần thiết cho nhà đầu tư thì rủi ro cho cán bộ, công chức và doanh nghiệp ở chỗ một dự án được làm thủ tục theo loại không có điều kiện, nhưng sau đó, lại cho là có điều kiện. Trong trường hợp này, nhà đầu tư có thể bị từ chối và bị thu hồi lại Giấy chứng nhận đầu tư, hoặc phải làm lại thủ tục khiến dự án bị chậm trễ, tốn kém thêm và mất cơ hội kinh doanh, còn công chức có liên quan thì có thể bị khiển trách là cố ý làm trái quy định.
Về thẩm định các dự án đầu tư, trên thực tế Giấy chứng nhận đầu tư đang được “hiểu” và “làm” như Giấy phép đầu tư, vì vậy việc thẩm định còn khá nặng nề và nhiêu khê. Năng lực tài chính của nhà đầu tư vẫn được thẩm định, nhưng chưa có hướng dẫn cụ thể về báo cáo năng lực tài chính, các điều kiện đánh giá nên việc thẩm định mang tính hình thức. Trong khi đó, yêu cầu phải thẩm định để lựa chọn dự án tốt, nhà đầu tư có năng lực, do đó các địa phương đều thẩm định năng lực tài chính của nhà đầu tư. Một trong các nội dung thẩm định là sự phù hợp với quy hoạch. Nhiều ý kiến đề nghị xác định rõ hơn loại dự án nào và với quy mô nào mới phù hợp với quy hoạch, phải có trong quy hoạch, và phải xác định cụ thể nội dung cũng như hình thức của quy hoạch. Có tỉnh đã phải xây dựng và thông qua 38 loại quy hoạch, nhưng chừng đó cũng chưa đủ làm căn cứ thẩm định để chấp thuận các loại dự án đầu tư. Có doanh nghiệp đã chịu thiệt hại do yêu cầu dự án phải phù hợp với quy hoạch.
Nhà đầu tư thường muốn có Giấy Chứng nhận đầu tư trong đó có điều khoản chứng nhận ưu đãi đầu tư. Hiệu lực pháp lý của điều khoản này được hiểu và áp dụng rất khác nhau. Đối với cơ quan thuế thì chứng nhận ưu đãi đầu tư chỉ là để tham khảo, không có giá trị pháp lý bắt buộc thực hiện. Nhưng đối với Hải quan, khi nhà đầu tư nhập thiết bị, vật tư mà trong nước chưa sản xuất được để tạo thành tài sản cố định thì yêu cầu phải có xác nhận của UBND tỉnh hay Sở Kế hoạch và Đầu tư về loại thiết bị, vật tư và số lượng được sử dụng tạo thành tài sản cố định. Trong hướng dẫn hiện hành không yêu cầu xác nhận gì, vậy Hải quan xem, xác nhận chứng nhận ưu đãi đầu tư là điều kiện cần để được hưởng ưu đãi đầu tư căn cứ vào tiêu chí, điều kiện nào? Điều này gây khó khăn không ít cho các nhà đầu tư.
Về điều kiện ưu đãi đầu tư, có khái niệm khác nhau giữa pháp luật đầu tư và pháp luật về thuế liên quan đến “đầu tư mới” và “đầu tư mở rộng”. Đối với thuế, dự án đầu tư mới là dự án đầu tư ngắn gắn với thành lập doanh nghiệp mới, còn bất kỳ hình thức đầu tư nào khác đều là đầu tư mở rộng.
Nhìn chung, có rất nhiều vướng mắc trong thi hành Luật Đầu tư và Luật Doanh nghiệp. Viện Nghiên cứu quản lý kinh tế Trung ương đã đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư tập hợp và phân tích những văn bản trả lời các công văn “xin ý kiến” của các địa phương và doanh nghiệp để từ đó đánh giá lại các nghị định và văn bản hướng dẫn thi hành Luật Đầu tư và Luật Doanh nghiệp, sớm bãi bỏ những quy định không phù hợp, nếu xét thấy cần thiết thì sớm đề nghị sửa đổi, bổ sung Luật.
