Nghị định số 204 quy định, cán bộ chuyên trách cấp xã là Bí thư Đảng ủy được hưởng hệ số 2,0 mức lương tối thiểu; Phó bí thư Đảng ủy, Chủ tịch UBND được hưởng hệ số 1,9; Phó chủ tịch HĐND, Phó chủ tịch UBND, Chủ tịch UBMTTQ hưởng hệ số 1,8; Bí thư Đoàn thanh niên, Chủ tịch Hội Liên hiệp phụ nữ, Chủ tịch Hội Nông dân, Chủ tịch Hội Cựu chiến binh hưởng hệ số 1,7 mức lương tối thiểu. Trong khi đó, công chức cấp xã tốt nghiệp đại học trở lên, phù hợp chuyên môn của chức danh được hưởng lương theo bảng lương hành chính, ngạch chuyên viên; tốt nghiệp trung cấp phù hợp với chuyên môn của chức danh được hưởng lương theo ngạch cán sự; tốt nghiệp sơ cấp phù hợp với chuyên môn của chức danh hưởng lương theo ngạch nhân viên văn thư. Như vậy, hệ số lương khởi điểm của các chức danh cán bộ chuyên trách thấp hơn so với công chức cấp xã cùng trình độ đào tạo về chuyên môn, nghiệp vụ. Cụ thể, cùng có trình độ chuyên môn, nghiệp vụ như nhau nhưng hệ số lương khởi điểm của chức danh cán bộ chuyên trách cấp xã thấp hơn công chức cấp xã. Đây là vấn đề bất cập, ảnh hưởng đến quyền lợi, chế độ của cán bộ chuyên trách cấp xã. Đơn cử, trường hợp đã tốt nghiệp đại học Luật hoặc cao hơn, được bầu làm Bí thư Đảng ủy xã thì hệ số lương khởi điểm cũng chỉ là 2,0. Trong khi đó, nếu đối tượng này được tuyển dụng công chức cấp xã thì được hưởng hệ số lương khởi điểm 2,34 Thêm vào đó, việc quy định “cứng” hệ số khởi điểm đối với các chức danh cán bộ chuyên trách cấp xã cũng chưa hợp lý. Trên thực tế, có những trường hợp, cán bộ chuyên trách cấp xã có trình độ chuyên môn, nghiệp vụ chênh lệch nhau, nhưng cùng được đảm nhận một chức vụ thì lại hưởng hệ số lượng khởi điểm như nhau. Ví dụ, trường hợp đã tốt nghiệp Đại học Luật, được bầu làm Bí thư Đảng ủy xã cũng có hệ số lương khởi điểm bằng tốt nghiệp trung cấp Luật, được bầu giữ chức danh này.
Vấn đề bất cập nữa là thời gian, thời hạn nâng lương đối cán bộ chuyên trách cấp xã. Theo quy định, công chức cấp xã được nâng lương theo niên hạn như đối với cán bộ, công chức ngạch tương ứng ở cấp huyện trở lên. Và, các chức danh cán bộ chuyên trách cấp xã nếu được tái cử, kể từ nhiệm kỳ thứ hai (từ tháng 61 trở đi) được hưởng phụ cấp thêm 5% hàng tháng theo mức lương chức vụ đảm nhiệm; sau 5 năm công tác, cán bộ chuyên trách cấp xã chỉ được hưởng phụ cấp thêm 5%. Có nghĩa là, thời gian để xác định tăng hệ số lương giữa công chức cấp xã và cán bộ chuyên trách cấp xã rất khác nhau. Cụ thể, hệ số lương của cán bộ chuyên trách cấp xã không thay đổi, chỉ được hưởng thêm 5% phụ cấp. Quy định như vậy không hợp lý. Cụ thể, sau 5 năm, mức lương của một cán bộ là Bí thư Đảng ủy xã chỉ tăng 65.000 đồng/1tháng (với mức lương tối thiểu chung là 650.000 đồng, không tính các mức phụ cấp khác). Trong khi đó, nếu được tuyển dụng công chức cấp xã thì chỉ sau 3 năm, mức lương cán bộ này sẽ tăng 214.500 đồng/1 tháng.
Chế độ, chính sách liên quan đến lương của cán bộ chuyên trách cấp xã hiện có một số bất cập, chưa hợp lý, rất cần sửa đổi, bổ sung cho phù hợp. Cụ thể là thống nhất về thời gian, thời hạn nâng lương, hệ số lương khởi điểm để cán bộ chuyên trách cấp xã được hưởng hệ số lương khởi điểm theo trình độ chuyên môn, được tăng hệ số lương theo quy định đối với công chức cấp xã.
