Ngày 1 tháng 2 năm 2026, Thông tư 121/2025/TT-BTC của Bộ Tài chính sẽ chính thức có hiệu lực, mang đến nhiều thay đổi trong việc quản lý hải quan, nhằm hiện đại hóa quy trình và kiểm soát thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, theo phản ánh từ nhiều doanh nghiệp chế xuất, việc triển khai Thông tư này đang gặp phải không ít “điểm nghẽn” do đặc thù hoạt động sản xuất của khu vực này.
Mục lục
Thay Đổi Trong Quy Định Hải Quan
Thông tư 121 ban hành đã sửa đổi nhiều quy định liên quan đến thủ tục hải quan, kiểm tra và giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Cụ thể theo Khoản 45 Điều 1 của Thông tư, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất buộc phải thực hiện đầy đủ thủ tục hải quan và sử dụng đúng mục đích sản xuất.
Đặc biệt, hàng hóa doanh nghiệp chế xuất nhập khẩu từ nước ngoài sau khi đã nộp đầy đủ thuế, hoặc mua từ nội địa và đã nộp thuế sẽ không cần làm thủ tục hải quan khi bán cho doanh nghiệp nội địa. Tuy nhiên, với những hàng hóa mua trong nước có thuế suất thuế xuất khẩu để làm nguyên liệu cấu thành sản phẩm xuất khẩu, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện thủ tục hải quan.
Những Khó Khăn Doanh Nghiệp Must Đối Mặt
Nhiều doanh nghiệp chế xuất cho biết quy định mới đã lược bỏ cơ chế cho phép lựa chọn mở hoặc không mở tờ khai đối với hàng hóa đưa ra vào để sửa chữa, bảo trì hoặc kiểm tra. Tình trạng này tác động lớn đến hoạt động sản xuất, vì nhiều hành động chỉ diễn ra trong khoảng thời gian ngắn. Các tập đoàn lớn như Samsung Việt Nam, Canon Việt Nam hay Panasonic Việt Nam cho rằng thực hiện thủ tục hải quan cho những hoạt động thường xuyên này kéo theo chi phí gia tăng và ảnh hưởng đến tiến độ sản xuất.
Chưa kể, với những hàng hóa yêu cầu kiểm tra chuyên ngành như dán nhãn năng lượng, doanh nghiệp gặp khó khăn trong việc xác định cơ quan thẩm quyền có trách nhiệm mở tờ khai đối ứng cho doanh nghiệp chế xuất hay không. Điều này càng làm gia tăng sự bất ổn cho các doanh nghiệp trong quá trình hoạt động.
Kiến Nghị Từ Doanh Nghiệp
Trước thực trạng này, các doanh nghiệp chế xuất đề xuất rằng cần tiếp tục áp dụng chế độ linh hoạt cho hàng hóa ra vào sửa chữa, bảo trì, trong thời gian dưới 30 ngày, cho phép doanh nghiệp tự quyết định có mở tờ khai hay không.
Ông Lê Văn Minh, Giám đốc của một công ty chế xuất lớn, phản ánh: “Nếu mỗi lần phải thực hiện thủ tục hải quan sẽ rất tốn kém và làm chậm tiến độ sản xuất. Chúng tôi rất mong muốn được quay trở lại với những quy định linh hoạt giúp giảm thiểu các gánh nặng không cần thiết.”
Cục Hải Quan Phản Hồi
Trả lời về những phản ánh này, Cục Hải quan cho biết rằng pháp luật vẫn cho phép doanh nghiệp chế xuất và đối tác lựa chọn không đăng ký tờ khai hải quan trong một số trường hợp, như hàng hóa phục vụ cho hoạt động cụ thể theo Nghị định 35/2022/NĐ-CP hoặc hàng hóa phục vụ kiểm tra, kiểm định. Tuy nhiên, doanh nghiệp sẽ phải thông báo cho cơ quan hải quan trước khi đưa hàng hóa vào hoặc ra ngoài.
Cục Hải quan cũng nhấn mạnh rằng khi doanh nghiệp và đối tác cùng lựa chọn không đăng ký khai báo, họ phải tuân thủ chế độ hóa đơn và chứng từ đầy đủ, tránh việc bị xử lý vi phạm.
Vướng Mắc Liên Quan Đến Thủ Tục
Một bất cập khác được nêu lên là việc bỏ quy định cho phép doanh nghiệp chế xuất lựa chọn mở tờ khai đối với hàng hóa luân chuyển trong nội bộ. Nếu doanh nghiệp cùng thực hiện gia công và sản xuất xuất khẩu, liệu họ có phải làm thủ tục xuất nhập khẩu hay không?
Cục Hải quan khẳng định rằng với hàng hóa nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất không chịu thuế, việc điều chuyển giữa các mục đích sử dụng như gia công và sản xuất xuất khẩu không cần thực hiện thủ tục chuyển mục đích sử dụng. Doanh nghiệp cũng không phát sinh hóa đơn giá trị gia tăng hoặc phiếu xuất kho nên có thể sử dụng hóa đơn thương mại trong việc khai báo thủ tục hải quan.
Bên cạnh đó, nhiều doanh nghiệp còn gặp khó khăn trong việc xác định chứng từ khi đưa hàng hóa ra nội địa để sửa chữa hoặc bảo trì. Theo đó, Cục Hải quan cho rằng tùy thuộc vào bản chất của hoạt động, doanh nghiệp có thể sử dụng linh hoạt các loại giấy tờ như phiếu xuất kho, hóa đơn thương mại hoặc hóa đơn giá trị gia tăng.
Tính Ổn Định Trong Hoạt Động Sản Xuất
Theo Cục Hải quan, trong những trường hợp trước ngày 1/2/2026, doanh nghiệp chế xuất và đối tác không làm thủ tục hải quan khi đưa hàng hóa ra và vào sẽ được tiếp tục áp dụng cơ chế này ngay cả sau khi Thông tư 121 có hiệu lực. Điều này nhằm tránh phát sinh thủ tục hồi tố và đảm bảo tính ổn định cho hoạt động sản xuất.
Thông tư 121 được kỳ vọng sẽ đánh dấu một bước tiến quan trọng trong lộ trình hiện đại hóa quản lý hải quan, chuyển mạnh từ tiền kiểm sang hậu kiểm và quản lý rủi ro dựa trên dữ liệu. Tuy nhiên, để thực hiện thành công, cần thiết phải làm rõ hơn những tình huống đặc thù của doanh nghiệp chế xuất, đặc biệt đối với các giao dịch có thời gian ngắn nhằm cân bằng giữa yêu cầu quản lý và nhu cầu vận hành của doanh nghiệp.
Tóm lại
Dù Thông tư 121/2025/TT-BTC mang lại nhiều thay đổi trong lĩnh vực hải quan, doanh nghiệp chế xuất đang phải đối mặt với nhiều thách thức trong quá trình thực thi, điều này yêu cầu các cơ quan chức năng cần xem xét và điều chỉnh để hỗ trợ họ trong hoạt động sản xuất.
